Il Rapporto Italia 2006 presenta rilevanti novità in ordine alla struttura e alle aree tematiche oggetto di indagine. Il modello di analisi prescelto rappresenta un tentativo di un impianto teorico-metodologico che, in questa edizione, si discosta dalla tradizionale struttura dicotomica che operava in maniera dialettica sui luoghi estremi dei fenomeni e sulle polarità dei processi sociali ed economici.

Tra i temi principali: salute e benessere, lavoro e welfare, qualità e innovazione, democrazia e partecipazione, territorio, economia e sviluppo, società e costume.